Il Duca Guidubaldo I da Montefeltro istituì nel 1506 il "Collegio dei Dottori". Nel 1566, Papa Pio IV concesse a questo Collegio la facoltà di laureare poeti, di creare dottori in diritto canonico e civile e di nominare notai.
Dopo l'unità d'Italia, l'Ateneo assunse il nome di "Libera Università Provinciale" e nel 1923 diventò "Università Libera".

Oggi la "Carlo Bo" conta numerosi Corsi di laurea nelle sue dieci Facoltà: Economia, Farmacia, Giurisprudenza, Lettere e Filosofia, Scienze Politiche, Lingue e letterature straniere, Scienze e Tecnologie, Scienze della Formazione, Sociologia, Scienze Motorie; inoltre, diverse scuole superiori: Accademia di Belle Arti, Istituto Superiore di Arti Grafiche, Istituto di Formazione al Giornalismo.